Isolement et caractérisation moléculaire de l'influenza virus D chez les veaux de boucherie.

Abstract

Le virus influenza D (IDV) a été identifié en France en 2014 et est probablement impliqué dans les bronchopneumonies infectieuses (BPI) des jeunes bovins. Cette étude avait pour objectif la caractérisation moléculaire d’IDV en élevages de veaux de boucherie. A partir de 1890 prélèvements par écouvillonnage nasal, dont 383 testés par PCR, nous avons montré qu’IDV était fortement présent avec des différences de prévalence entre élevages selon le contexte épidémiologique. Le séquençage de 7 isolats a montré qu’ils appartiennent tous au sous-groupe génétique D / OK, qui est le seul qui circule actuellement à grande échelle en Europe. La distance génétique d’IDV entre élevages varie entre 0,2% et 1,4% selon les gènes, suggérant une très forte parenté entre les isolats récupérés en Région Occitanie et Rhône-Alpes-Auvergne. Finalement IDV est très fréquemment détecté en associant avec le coronavirus bovin et Mycoplasma bovis dans ces élevages, soulignant le rôle des coinfections