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PCR quantitative appliquée à des mélanges de fèces pour le diagnostic de la paratuberculose caprine : comparaison de deux méthodes de préparation des échantillons

Tropée, Alliaume and Prévot, Camille. PCR quantitative appliquée à des mélanges de fèces pour le diagnostic de la paratuberculose caprine : comparaison de deux méthodes de préparation des échantillons. Thèse d'exercice, Médecine vétérinaire, Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse – ENVT, 2019, 94 p.

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Abstract

Le développement d’approches diagnostiques peu coûteuses, adaptées aux grand effectifs des troupeaux ovins ou caprins permettrait d’améliorer le dépistage de la paratuberculose chez les petits ruminants. L’objectif de cette étude était de comparer deux méthodes de préparation des échantillons de fèces afin d’optimiser la sensibilité de la qPCR appliquée à des mélanges d’échantillons. Des mélanges ont été réalisés à partir d’échantillons de fèces ovins et caprins caractérisés individuellement comme issus d’animaux faiblement excréteurs de Mycobacterium avium spp. paratuberculosis, selon plusieurs facteurs de variations : techniques de mélanges (fèces en phase solide ou liquide), taille des mélanges (5 ou 10 échantillons) et nombre d’échantillons positifs dans le mélange (1, 2 ou 4). L’homogénéité des résultats de qPCR n’est pas apparue améliorée par la réalisation de mélanges en phase liquide. Les estimateurs de sensibilité de la qPCR appliquée à des mélanges de fèces en phase liquide apparaissent cependant satisfaisants, variant de 69,5% (mélange 1/5) à 100% (mélange 4/10). Dans ces conditions, l’application de la qPCR à des mélanges de fèces apparait prometteuse dans le cadre de programmes de dépistage de la paratuberculose à l’échelle collective.

Item Type:Thèse d'exercice
Uncontrolled Keywords:
Institution:Université de Toulouse > Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse - ENVT (FRANCE)
Université de Toulouse > Institut National Polytechnique de Toulouse - Toulouse INP (FRANCE)
Université de Toulouse > Université Toulouse III - Paul Sabatier - UT3 (FRANCE)
Research Director:
Corbière, Fabien
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Deposited On:18 Feb 2020 15:10

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